Патогенез досліджує розвиток захворювання та ланцюг подій, пов’язаних з ним, які крок за кроком визначають морфо-функціональні зміни клітин і тканин, що належать до уражених органів. Ці зміни можуть бути викликані хімічними, фізичними або біологічними агентами (віруси, бактерії тощо).
Тому ми можемо визначити патогенез як механізм, за допомогою якого етіологічний агент (збудник, наприклад, бактерія або радіація) визначає захворювання. Невипадково термін патогенез походить від об’єднання грецьких слів пафос, "хвороба", напр генезис, "створення".
Хоча етіологія визначає причини, патогенез вивчає наслідки.
Тому під час читання медичних текстів ми можемо зустріти такі терміни, як: мікробний патогенез, запальний патогенез, вірусний патогенез, злоякісний патогенез (тенденція захворювання, зазвичай пухлини, поступово погіршуватися, поки не стане потенційно смертельною). Багато захворювань розпізнають різні причинні фактори (багатофакторна етіологія), а ще більш численні - ті, що характеризуються різними еволюційними механізмами (множинний патогенез).